부산해양자연사박물관은 해양의 중요성을 인식하고, 사라져 가는 소중한 해양자연사 자료들을 수집 및 보존하고 이를 전시하고 교육한다. 1994년 6월 10일 개관한 부산해양자연사박물관은 국내 최초, 최대 규모의 해양자연사 분야의 전문박물관으로 세계 100여 개국의 희귀종, 대형종, 한국 특산종 등 해양생물을 중심으로 자연사 자료 26,000여 점을 수집, 전시하고 있으며, 소장품의 상당수는 전시 가치 및 희귀성 면에서 국제적인 수준이다. 2003년 4월에는 제2관을 개관하였으며, 2007년 2월 23일 분관으로 부산어촌민속관을 개관하였다. 2024년 6월 25일에는 30주년을 맞이하여 제2관을 어린이복합문화공간으로 개편하였다.
부산해양자연사박물관 주요 전시품으로는 국내 유일의 전신 골격표본인 큰 이빨부리고래 골격 표본, 국내 최대 크기의 고래상어 표본, 현존하는 패류 중 가장 큰 종인 대왕조개, 국내 최초로 전시된 산갈치 표본, 화석화가 진행 중인 고래뼈 표본 외에도 말레이가비알, 아나콘다, 물왕도마뱀, 악어거북, 며느리발톱거북 등을 소장‧전시하고 있다.