운구서원은 1786년(정조 10)에 주변 유림의 건의에 의하여 고려말에 소윤을 역임한 홍재 선생의 불사이군의 절개를 지키기 위해 은둔한 곳인 운구대 곁에 운구서원을 창건하기 시작하여, 1796년(정조 20)에 홍재, 이오, 조열 선생을 봉안하였다. 1868년(고종 5)에 대원군의 서원철폐령에 의해 훼철되었다가 1923년에 홍재의 후손인 홍승부 등이 중심이 되어 문중의 뜻을 모아 선조가 은거하였던 두심동에 건물을 지어 운구서당이라 하였다.