모차르트홀은 201석 규모로 피아노연주 및 소규모 챔버뮤직에 최적으로 설계되었다. 콘서트홀과 로비의 조화로운 통합이 이루어지도록 타원형으로 디자인되었다. 또한 홀 내부는 음향설계를 중심으로 나무와 돌의 이중적 톤으로 구성되었으며, 공연장 전용의자를 95cm 공간으로 설치함으로써 음향적인 측면은 물론 안락함까지 고려하였다. 무대는 공연행태에 따라 구성의 변환이 가능하며, 이를 고려하여 객석의자는 고정석 125석, 이동석 76석으로 설치되어 있다.
특수 설계된 방진패드를 적용하여 공연장을 건물 바닥으로부터 띄우고 벽과 천장으로부터 분리시킴으로써 건물진동이 완벽하게 차단했다. 이와 더불어 냉난방환기덕트에 소음기(silencer)와 국내최초의 ANC(Active Noise Control System)를 적용함으로써 국제기준 공연장의 실내소음도(NoiseCriteria) NC20 이하보다도 월등한 NC5의 국내에서 찾아볼 수 없는 조용한 공연장 환경을 자랑한다.