1999년 1월 충청북도교육연구원과 충청북도과학 연구원을 통합하였고, 1999년 10월 충청북도교육과학연구원을 신축 개관하였다. 이 연구원은 과학전시관과 교육 연수관으로 구성되어 있다. 과학전시관에는 생물과 물리를 주제로 전시된 탐구의 광장, 다양한 동식물의 표본을 볼 수 있는 꿈돌이 광장, 과학적 현상을 직접 체험해 볼 수 있는 체험의 광장, 천체투영실 등이 있다. 교육 연수관에는 과학실험실, 천체관측실, 멀티미디어실 등이 있다.